距离第二次新吉翁战争（夏亚的叛乱）已经过去了12年。U.C.105年——地球联邦政府变得愈加腐败，不仅加速了地球的污染，还强制把民众送去宇宙，并实行了非人道的“人类狩猎”政策。此时，反地球联邦政府组织“马夫蒂”，以暗杀地球联邦政府高官的激烈行为开始了抵抗。首领名为“马夫蒂·纳比尤·艾林”，其真实身份正是曾参加了一年战争的地球联邦军上校布莱德·诺亚的儿子——“哈萨维·诺亚”。哈萨维·诺亚作为阿姆罗·雷、夏亚·阿兹纳布尔2人的理念和理想、意志兼备的战士，开拓起了通往未来的道路。但是，在遇到联邦军上校凯奈斯·斯雷格和谜之...