故事发生在影片第一部结束后一年，总失忆的蓝唐王鱼多莉（Dory）跟小丑鱼父子成了邻居，生活上互相关照，相处融洽。有一天她随尼莫（Nemo）去上学，路上遇到了举家迁徙的蝠魟，勾起了她对家的向往。患上思乡病却不知道自己身世的多莉决定去寻找自己的父母。在小丑鱼尼莫和他的父亲马林（Marlin）的帮助下，她从澳大利亚大堡礁来到了美国加州海岸，却意外被海洋生物研究所捉走了。在那里，她遇到了很多新朋友，有章鱼、海狮、白鲸 。

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本片在多莉的童年回忆中展开，由短时间失忆症这一第一部中的重要故事推动点变成了本片中的主要推动点，随着多莉通过自己的碎片式记忆来寻找自己的父母，故事也就正式开始。

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从《阳光小美女》中通过选美比赛来达成家庭成员间矛盾的消除，到《星际穿越》中，让父女之情在巨大时空跨越中进行交流，这种在任何类型片中都会存在的“亲情”主题到了《海底总动员2》中开始无限地放大，甚至成为了唯一的主题。

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首先多莉寻找父母这条主线是一条，而马林父子寻找多莉则是另一条，而在故事高潮阶段，我们知道多莉的父母也一直在寻找她。

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美国白人家庭在我们这些在亚洲儒家文化熏染长大的人看来，差异性相当大，家中的孩子在成年前都被庇护在父母的羽翼中，但是美国文化中又向来主张个性化教育，自然让孩子萌发更多不同的想法，甚至是求异心理，而一旦孩子达到18岁，就以“放逐”式的方式让其自由发展，更是让个人主义得到家庭伦理上的解放。