故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大在超梦的面前出现，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。

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剧情的推进与原版几乎一致，删去了一些略显拖沓以及非宝可梦迷不便于理解的部分，比如片头中早先御三家复制体初现以及消失，还有博士创造超梦以及他女儿AI画面的桥段，从接到邀请函——遇上风浪——进入小岛——战斗——复制体战斗——超梦VS梦幻——结局。

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新电影相比较原作剧情几乎百分百复刻，但是采用了全新的制作，更立体的神奇宝贝搭配注意细节的场景，带来不一样的观影体验。

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港口等待的宝可梦品种也变得较少，总的来说，与原版相比，删除了一些人气较低的宝可梦，比如超梦对战三合一磁怪、对战胡地等等。

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剧情走向基本上保持了和原版的一致，包括最后小智的复活，超梦和梦幻以及复制体们的离开等等，乃至于九成以上的台词都保持了一致，可以说满满的情怀。